O LAPROTER atua nas seguintes linhas de pesquisa:
1. Mudanças de cobertura e uso da terra;
2.Geoprocessamento aplicado ao meio ambiente;
3. Cartografia básica e temática;
4. Ensino de Cartografia na Geografia;
5. Geotecnologias aplicadas a Geografia;
6. Ambiente e ocupação do espaço;
7. Planejamento urbano e gestão territorial;
8. Planejamento Regional;
9. Cartografia e Agroecologia;
10. Gestão de recursos hídricos em bacias hidrográficas.
O LAPROTER, atualmente, está ligado aos seguintes programas de pós-graduação: